A la fin d'un XIXème siècle imaginaire et sombre, l'Humanité est plus que jamais plongée dans le chaos et la mort, générés par d'innombrables guerres partout dans le monde. Des tragédies se déroulent tous les jours, donnant naissance à des armes nommées
Akuma grâce à l'âme d'un mort et le corps d'un de ses proches. Ces armes démoniaques sont créées par
"le faiseur" aussi connu sous le nom de Comte Millénaire, profitant du chagrin des Hommes pour agrandir sa propre armée. En guerre contre Dieu, il envisage pûrement et simplement de détruire l'espèce humaine, aidé par les
descendants de Noé qui se prétendent les apôtres du "vrai" Dieu.
Afin de lutter contre cette menace, le Vatican a mis en place une organisation militaire spéciale, la
Congrégation de l'Ombre. Les soldats de cet Ordre appelés
Exorcistes ou Prêtres noirs, sont les élus de Dieu et utilisent une arme Anti-Akuma,
l'Innocence, pour protéger la population.
Ce conflit dure depuis environ un siècle, chaque camp étant à la recherche d'un artéfact baptisé
Coeur Précieux qui ferait basculer l'issue de cette guerre. Dernièrement, les activités du Comte ont redoublé d'intensité, obligeant les exorcistes à parcourir le monde pour trouver rapidement de nouveaux compatibles et Innocences.
Une des équipes envoyée par la Congrégation à la recherche d'un
Maréchal disparu, Cross Marian, se retrouva au premier plan du conflit. Emprisonnée à l'intérieur de
l'Arche des Noés sur le point d'être détruite, une partie de l'équipe y affronta les membres de ce clan, manquant de disparaitre à leur tour. La réapparition du Maréchal y fut pour beaucoup dans leur victoire mais c'est surtout grâce à l'un des exorcistes, Allen Walker, que la destruction fut évitée et l'Arche récupérée par la Congrégation. Il se trouvait en effet que le jeune homme avait la capacité de diriger cette Arche. Etrange.
Suite à cet événement, le Comte Millénaire et le Clan Noé se firent plus discrets, restant davantage dans l'ombre. Au même moment, les membres de la Congrégation en profitèrent pour reprendre des forces et agrandir leurs rangs, redoublant d'efforts pour trouver de nouveaux compatibles pour opposer une plus grande résistance aux forces du Faiseur. C'est en ces temps obscurs que chaque camp se bat pour sa propre survie.
Comptez-vous détruire le monde, le sauver ou rester simple spectateur ?
(Pour les connaisseurs, notre histoire actuelle prend place suite à l'épisode 94 de l'animé ou le chapitre 134 du manga. La suite sera adaptée selon nos soins et vos actions.)